Σχετικά με την παραγραφή του δικαιώματος του Δημοσίου για επιβολή φόρου, τέλους και προστίμου επί τελών χαρτοσήμου και εισφοράς υπέρ ΟΓΑ διακρίνουμε στις εξής περιπτώσεις:
1. Για τις φορολογικές υποχρεώσεις από τέλη χαρτοσήμου που γεννήθηκαν μέχρι 31.12.2013:
Σύμφωνα με το άρθρο 2 του Κώδικα Φορολογικής Διαδικασίας (ΚΦΔ) σε συνδυασμό με το οικείο Παράρτημα και τις μεταβατικές διατάξεις του άρθρου 72 παρ. 11 του ΚΦΔ, οι οικείες διατάξεις περί παραγραφής εξακολουθούν να έχουν εφαρμογή για τις χρήσεις, τις περιόδους, τις υποθέσεις και τις φορολογικές υποχρεώσεις τις οποίες αφορούν.
Κατά πάγια νομολογία του Συμβουλίου της Επικρατείας και των διοικητικών Δικαστηρίων, ελλείψει σχετικής διάταξης στον Κώδικα Χαρτοσήμου, η αξίωση του Δημοσίου, για την επιβολή τελών χαρτοσήμου, υπόκειται στην εικοσαετή παραγραφή του άρθρου 249 του Αστικού Κώδικα (ενδεικτικά ΣτΕ 2579/1998). Στην ίδια 20ετή παραγραφή του άρθρου 249 ΑΚ υπόκειται και η αξίωση του Δημοσίου για την επιβολή της εισφοράς υπέρ ΟΓΑ του ν. 4169/1961 που υπολογίζεται επί των καταλογιζόμενων τελών χαρτοσήμου (ΣτΕ 1561/2003).
2. Για φορολογικές υποχρεώσεις που γεννήθηκαν από 1.1.2014:
Από 1.1.2014 εφαρμόζεται η παραγραφή του άρθρου 36 του ΚΦΔ, δηλαδή ισχύει καταρχήν η πενταετής παραγραφή τελών χαρτοσήμου, δηλαδή η Φορολογική Διοίκηση μπορεί να προβεί σε έκδοση πράξης διοικητικού προσδιορισμού φόρου εντός 5 ετών από τη λήξη του εντός του οποίου λήγει η προθεσμία υποβολής δήλωσης.
Κατ’ εξαίρεση η ως άνω πενταετής προθεσμία παρατείνεται ως εξής:
- εάν ο φορολογούμενος υποβάλει αρχική ή τροποποιητική δήλωση εντός του πέμπτου έτους της προθεσμίας παραγραφής, για περίοδο ενός έτους από τη λήξη της πενταετίας,
εάν ζητηθούν πληροφορίες από χώρα της αλλοδαπής, για όσο χρονικό διάστημα απαιτηθεί για τη διαβίβαση των εν λόγω πληροφοριών προσαυξημένο κατά ένα έτος από την παραλαβή τους από τη Φορολογική Διοίκηση,
εάν ασκηθεί ενδικοφανής προσφυγή, ένδικο βοήθημα ή μέσο, για περίοδο ενός έτους μετά την έκδοση απόφασης επί της ενδικοφανούς προσφυγής ή την έκδοση αμετάκλητης δικαστικής απόφασης και μόνο για το ζήτημα, το οποίο αφορά.
Τέλος να σημειωθεί ότι, εξαιρετικά, πράξη διοικητικού προσδιορισμού φόρου για περιπτώσεις φοροδιαφυγής μπορεί να εκδοθεί εντός 20 ετών από τη λήξη του έτους εντός του οποίου λήγει η προθεσμία υποβολής δήλωσης.